Gefangen im magischen Viereck zwischen studieren, schreiben, lehren und Ideen umsetzen…
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It’s time for another ROSALIND project update. In this blog entry I will explain the solutions of the last three solved problems. These have the IDs HAMM, PERM and LEXF. One of them was quite easy. The solutions for the other two took much more effort than the previous problems.
Additionally I changed some organizational stuff in the Visual Studio 2012 solution and refactored some unit tests and code.
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After a while and some German blog posts about my ROSALIND efforts I write this entry to publish my solutions for the first four ROSALIND problems. As described in the ROSALIND project section on this blog, I will write the upcoming posts about ROSALIND in English. I think this makes definitely more sense as to write them in German. So this post will describe my solutions for the four problems with the IDs DNA, RNA, REVC and GC.
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Nach zwei einführenden Artikeln zum ROSALIND-Projekt komme ich in diesem Artikel zum Thema Projektaufbau. Das soll auch gleichzeitig der letzte organisatorische Artikel zum Thema sein. Anschließend möchte ich meine ersten Implementierungen vorstellen.
Zur Lösung der Probleme habe ich mich für C# 4.5 und Visual Studio 2012 entschieden, was nicht ganz überraschend sein sollte. Abbildung 1 zeigt den Aufbau der Visual Studio Solution, die vier Projekte enthält.
Abb. 1: Visual Studio Solution für das ROSALIND-Projekt.
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In meinem vorherigen Blog-Artikel zum Thema ROSALIND habe ich einen kurzen Überblick über das Projekt und die Plattform gegeben. In diesem Artikel möchte ich kurz auf ein paar organisatorische Dinge eingehen, bevor ich meine Lösungen zu den ersten Problemstellungen vorstelle.
Jeder Lösungsvorschlag muss innerhalb einer bestimmten Zeitspanne eingereicht werden. Wurde anhand der Beispieldaten eine Lösung implementiert, kann über die Schaltfläche Download Dataset eine umfangreichere Datei heruntergeladen werden. Diese Datei enthält die Daten eines konkreten Lösungsversuchs als simplen Text. Ab dem Zeitpunkt des Downloads läuft ein Timer mit 05:00 Minuten Laufzeit. Während dieser Zeitspanne muss auf Basis der heruntergeladenen Datei die Lösung in das entsprechende Textfeld eingegeben oder als Datei hochgeladen werden. Das erfordert eine Implementierung, beispielsweise über Unit-Tests, bei der die Quelldatei ohne großen Aufwand angepasst beziehungsweise ausgetauscht werden kann.
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Das Projektlogo des ROSALIND-Projekts.
Aktuelle Probleme aus der Bio-Informatik selber lösen. Was sich zunächst unrealistisch oder mindestens schwierig anhört, wird durch das ROSALIND-Projekt für jeden möglich, der sich für eine Programmiersprache begeistern kann.
Genauer genommen handelt es sich bei ROSALIND um eine Plattform, die bekannte Probleme aus der Bio-Informatik didaktisch gut aufbereitet zur Verfügung stellt. Alle Probleme sind eindeutig durch eine ID und eine Beschreibung gekennzeichnet. Zusätzlich wird auf der Übersichtsseite die Anzahl der bereits eingegangenen Lösungen und das Verhältnis von korrekten zu fehlerhaften Lösungsversuchen ausgegeben.